Het bestuur bij de oprichting in 1953 bestond uit:
Voorzitter tevens penningmeester dr.ir. J. Eshuis, directeur van de NV Centrale Suiker Maatschappij
Secretaris Mevrouw prof.dr. J. Westerdijk
Prof.dr. V. Koningsberger, hoogleraar te Utrecht
Mevrouw prof.dr. L.C.P. Kerling
Mevrouw Dr. J. Went
Dr J.G. ten Houten
Prof.dr. A. Kluyver

Samenstelling bestuur per 1 januari 2022:
Voorzitter: Prof.dr. B.J.C. Cornelissen, Emeritus Hoogleraar Moleculaire Fytopathologie, Swammerdam Instituut voor Levenswetenschappen, Universiteit van Amsterdam

Secretaris: Prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, Hoogleraar Plant-Microbe Interacties, Departement Biologie, Universiteit Utrecht

Penningmeester: Dr. W.J.C. Amesz, Voormalig Directeur Faculteit Biologie, Universiteit Utrecht

Prof.dr.ir. G.H.J. Kema, Hoogleraar Fytopathologie, Departement Plantenwetenschappen, Wageningen Universiteit & Research

Prof.dr.P.W. Crous, Directeur KNAW Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, Utrecht

Dr. W.J de Kogel, Business Unit Manager Biointeractions & Plant Health, Wageningen University & Research

Krachtens artikel 4.5 van de statuten van de Stichting Johanna Westerdijkfonds genieten de leden van het bestuur geen beloning voor hun werkzaamheden. Zij hebben wel recht op vergoeding van de door hen in uitoefening van hun functie gemaakte kosten.