Overeenkomstig haar statutaire doelstelling verleent de Stichting Johanna Westerdijkfonds reis- of studiebeurzen aan fytopathologen en mycologen om daarmee het zelf verrichten of doen verrichten van zuiver wetenschappelijk onderzoek in de fytopathologie en mycologie te bevorderen en te steunen. Sinds de oprichting van de Stichting in 1953 is haar werkwijze in essentie onveranderd dezelfde, nl. het bijdragen in de kosten verbonden aan het bijwonen van internationale wetenschappelijke bijeenkomsten en van studiereizen van onderzoekers in dienst van afdelingen/ vakgroepen/ leerstoelgroepen Fytopathologie aan de Nederlandse universiteiten, alsmede van instituten van fytopathologisch en/of mycologisch onderzoek. Op deze wijze bevordert de Stichting uitwisseling van nieuwe informatie en samenwerking tussen Nederlandse en buitenlandse onderzoekers op de gebieden van de fytopathologie en de mycologie.

De middelen van de Stichting zijn verkregen uit 1) het beginkapitaal, bijeengebracht ter gelegenheid van het afscheid van Prof.Dr. Johanna Westerdijk als directrice van het Fytopathologisch Laboratorium “Willie Commelin Scholten” te Baarn en haar terugtreden als buitengewoon hoogleraar aan de Universiteiten van Utrecht en Amsterdam, en 2) in de loop der jaren verworven schenkingen en legaten. Het financieel beleid van het bestuur is gericht op het minimaal in stand houden van het kapitaal; vermogenswinsten worden gereserveerd voor toekomstige verplichtingen. Uitkeringen worden zoveel mogelijk gedaan ten laste van de rentebaten. De toegekende bedragen worden uitgekeerd als gift na ontvangst van een afrekening en kort verslag van de reis. De grootte van het bedrag is al jaren vastgesteld op 40% van de werkelijk gemaakte kosten tot een maximum van 40% van de bij de oorspronkelijke aanvraag ingediende en goedgekeurde begroting.

Vooral in het laatste decennium is het aantal tijdelijke medewerkers aan de Nederlandse universiteiten toegenomen terwijl de structurele bekostiging aanzienlijk is achtergebleven. Dit heeft geresulteerd in een toenemend aantal aanvragen om steun bij het Johanna Westerdijkfonds. Om enerzijds zoveel mogelijk laboratoria in staat te stellen medewerkers congressen te laten bezoeken, anderzijds de beschikbare middelen zo zorgvuldig mogelijk te verdelen, heeft het bestuur in 2009 besloten vaste stafleden uit te sluiten en per laboratorium slechts twee aanvragen per congres te honoreren. De ervaringen met deze werkwijze zijn gunstig. Behoudens onvoorziene omstandigheden zal dit beleid in de komende jaren worden voortgezet.